Jacob, een zestienjarige jongen, dacht dat de verhalen van zijn grootvader over een huis voor bijzondere kinderen verzinsels waren. Maar als hij met zijn vader op vakantie gaat naar het eiland waar al deze verhalen zich afspeelden, ontdekt hij de ruïne van mevrouw Peregrine's huis voor bijzondere kinderen. Als Jacob de ruïne verkent, wordt duidelijk dat de kinderen misschien meer waren dan alleen bijzonder. Misschien waren ze ook gevaarlijk en woonden ze daarom zo afgelegen. En wat is er met de kinderen gebeurd?