Ofelia en haar moeder trekken in bij haar stiefvader, een hoge officier in het leger van Franco, die zijn hoofdkwartier heeft in een duister bos. Ofelia's moeder is hoogzwanger en wordt al snel na de verhuizing ernstig ziek. Terwijl de wrede aard van haar stiefvader zich steeds meer openbaart en de strijd tussen het leger en het verzet oplaait, beginnen voor Ofelia de grenzen tussen fantasie en werkelijkheid te vervagen. Ze raakt verstrikt in een verborgen wereld vol duistere wezens en halfvergeten verhalen, die aanvankelijk sprookjesachtig lijkt maar steeds gruwelijker wordt....